Empezaron a grabar desde cero, buscando posiciones de otros estilos, tocando desde salsa, hasta versiones de villancicos. Billie Joe dijo que eligieron escribir sus canciones de esta manera al haber obtenido el respeto del mundillo musical, y que los comentarios sociales es parte natural del crecimiento de una banda.

De ahí salió en 2004 American Idiot, título que es una doble mofa hacia American Idol, y hacia la administración Bush. Etiquetado como una "ópera punk rock", relata las historias de Saint Jimmy y Whatsername. Dos de las pistas, "Jesus of Suburbia" y "Homecoming", constan de 5 y media partes con una gran variedad de estilos en los más de 9 minutos de cada una.

Según Billie Joe, "Un día Mike estaba en el estudio y toco una pieza de un poco más de de 30 segundos. No sé, me gustó tanto que quise hacerlo yo también. La que hice se la conecté a su parte, entonces Tré hizo otra y la conecto a la mía y así sucesivamente hasta que grabamos diez minutos. Fue solamente pasar un buen rato."

La canción "American Idiot" fue escrita por la banda como un estamento público como respuesta a la escena de confusión que se vive en la sociedad estadounidense desde el 11S. El disco obtuvo un Premio Grammy en 2005 por el "Mejor álbum de Rock" además de otras dos nominaciones. Durante todo el año 2005 la banda hizo la gira American Idiot Tour 2005.

El día 28 de agosto de 2005 Green Day se llevó siete de las ocho nominaciones de los premios MTV VMA. La única estatuilla que no se llevó fue la de mejor dirección artística, en la que Gwen Stefani fue galardonada por "What You Waiting For?"

El 15 de noviembre de 2005 el grupo sacó a la venta el álbum en vivo: Bullet in a Bible, que incluye un documental sobre el mayor concierto de su historia en Milton Keynes, Inglaterra y un CD con 14 pistas en directo.

La banda tomo un descanso a principios del 2006, pero planean un nuevo álbum. Billie Joe aseguró que lo que piensan hacer es algo totalmente nuevo, con respecto al concepto musical de American Idiot, pero siguiendo los mismos esquemas para componer. Sin embargo, piensan orientar la trama del nuevo trabajo en algo más maduro, pero con los rasgos que tuvo Dookie.

Actualmente, la banda se concentra en su nuevo trabajo, el cual espera ser lanzado a medidados de este año 2008.